"Помните! Через года, через века, - помните!"
Развитие города, его дальнейший расцвет как курорта прервала Великая Отечественная война. Уже 22 июня 1941 года около 200 ялтинцев обратились в горвоенкомат с просьбой зачислить их добровольцами в ряды Красной Армии. Военные действия развивались стремительно. В ночь с 7 на 8 ноября 1941года в Ялту вошли гитлеровские войска. 7 ноября 1941 года в 11.25 последний вырвавшийся из города санитарно – транспортный теплоход «Армения», с находившимися на борту ранеными бойцами, командирами и гражданским населением, был подорван немецкими бомбардировщиками и затонул недалеко от берегов Ялты. На борту находилось от 5 до 10 тысяч человек, из которых спаслось всего несколько человек. Катастрофа «Армении» по числу жертв, стала одной из самых крупных в мировой истории.
Начались два с половиной года оккупации. С первых дней в городе начались аресты и расстрелы. Первыми жертвами пали евреи. Узники гетто, которое было создано в бывших массандровских казармах, вывозились грузовиками к обрыву над морем вблизи «Магарача», в урочище Селям, и там расстреливались в упор. В зарослях урочища Селям по соседству с дачей «Грёзы» немцы устроили колодцы смерти. Один был глубиной в 15 метров, другой – 35 метров. В них обнаружено около 750 трупов. Гитлеровцы угнали в симферопольский концлагерь, в так называемый «Картофельный городок», около 1300 ялтинцев, из которых до 700 человек погибли.
В период оккупации в Ялте активно действовали подпольные организации. В первые дни войны из жителей города были созданы два истребительных батальона численностью в 200 человек, на основе которых затем сформировали Ялтинский партизанский отряд и подготовили подполье для борьбы с врагом. Несмотря на то, что большая часть подготовленного подполья была уничтожена, в Ялте действовала комсомольско-молодежная подпольная группа, которую возглавляла ученица 9-го класса средней школы № 3 Надежда Лисанова. По доносу предателя она была расстреляна 24 февраля 1942 года недалеко от Ялты, в урочище Селям.
Подпольно-патриотическая молодежная группа была создана в Алупке и Кореизе, в нее входили братья Александр и Владимир Говырины, их сестра Текстелина, Павел Асаулюк, Люся Кузерина и Лида Горемыкина. Они также были расстреляны фашистами. В ответ на зверства оккупантов на борьбу с ними поднимались партизаны. Первый крупный бой ялтинских партизан с фашистами произошел 19 ноября 1941 года в районе Красного Камня. Здесь погибла группа партизан и руководивший ими В. М. Андреев.
В 1942 году Ялтинский партизанский отряд, в котором оставались 33 человека, перестал существовать как боевая единица и был объединен с Севастопольским. Но подполье в Ялте продолжало жить. Летом 1942 года бежавший из фашистского плена майор Красной Армии Андрей Игнатьевич Казанцев объединил небольшие подпольные группы в единую южнобережную подпольную организацию. Он организовал и подпольную типографию, выпускавшую газету «Крымская правда». Осенью 1943 года часть членов южнобережной подпольной организации во главе с А. И. Казанцевым ушла в лес и влилась в состав 4-й партизанской бригады Южного соединения, создав затем 10-й Ялтинский партизанский отряд. В составе 7-й бригады Южного соединения он участвовал в освобождении Ялты от фашистских захватчиков и спасении южнобережных дач и санаториев от уничтожения.
К утру 16 апреля 1944 года Войсками Отдельной Приморской армии (командующий генерал армии А. И. Еременко) Ялта была полностью освобождена. Удар частей был для врага настолько неожиданным и ошеломляющим, что он не успел уничтожить многое из того, что было задумано: взорвать и сжечь дворцы, здравницы, винзавод «Массандра» и другие здания, и в панике отступал к Севастополю.
Ялта лежала в руинах. Были разрушены 20 санаториев, многие промышленные предприятия, гостиницы, жилые дома, морской вокзал, портовые сооружения и другие объекты, выведены из строя водопроводная сеть и канализация. Но уже в апреле 1944 года, с первых дней после освобождения Ялты, в уцелевших санаториях и других зданиях разместились эвакогоспитали, в которых лечились раненные воины Красной Армии. Летом 1944 года приняли на лечение фронтовиков первые пять санаториев Ялты.
